Honza píše:Diky za naznaceni tech moznych pristupu k modelovani proteinu. Myslim, ze to je v kostce hezky shrnute. Nefunguje to taky tak, ze treti zpusob se v praxi doplnuje s druhym a obracene? Nadejne slouceniny ze simulaci se odzkousi v praxi (laboratorne) a pak mohou zase zpetne slouzit jako podklady k simulaci.
Ano - mas uplnu pravdu, trafil si klinec po hlavicke. Naozaj sa to takto robi. Uvediem konkretny priklad s ktorym mam skusenost - je snaha zadefinovat jeden typ poskodenia ludskej DNA molekuly (co nie je nic ine ako periodicka prerastena struktura zlozena zo stavebnych kamenov proteinov - nukleotidov - a fosforu a cukru) ktore napriklad vznikne ked su kozmonauti na obeznej drahe (alebo budu ked pojdu zas na mesiac a na mars - NASA prave do toho dava nove peniaze). Pripadne toto poskodenie je realne aj pre pilotov lietadiel (ktory su dlhodobo vystaveni zvysenej radiacii vo vyssich vrstvach atmosfery). Z experimentov je zname, ze tieto poskodenia opravuju iste proteiny (enzymy), zlozene z asi z dvochtisic atomov. Nie je zatial znamy mechanizmus, ktorym poskodenie deteguju ani ako ho opravia. Z experimentov sa len vie, ze to najdu a ze ked odidu tak je to opravene. Kopa enzymov takto "scanuje" celu DNA obrovskou rychlostou (tisicky atomov za sekundu). Niektore su neskutocne "clever" , pretoze dokazu dokonca rozlisit dolezite poskodenie od menej doleziteho z hladiska genetickeho poskodenia! To je uplne neuveritelne, pretoze to uz takmer hranici s inteligenciou na urovni molekul. Ja niekedy zasnem rovnako nad vyvojom vesmiru a gravitacnymi vlnami aj nad tym co sa deje v nasom organizme a my o tom ani nevieme.
No ale aby som neodbocoval - teoretici musia vysvetlit co sa tam v priebehu cca jednej-dvoch nanosekund deje (len tolko trva jedna oprava!- jednu az dve miliardtiny sekundy!), pretoze experiment nikdy asi taku malu casovu skalu nedokaze rozlisit. No a presne ako si povedal - pozname vychodziu molekulu, pozname konecny stav, a musime pouzit kombinaciu dokonca vsetkych troch pristupov. V praxi to vyzera napr. tak, ze cely enzym sa modeluje tretim pristupom (molekularna dynamika), pricom podozrive molekuly v enzyme ktore su blizko DNA sa modeluju semiempricky (cize tymi druhym sposobom) a tych par atomov ktore sa ukazu ako aktivne sa modeluje kvantovomechanicky (prvy sposob - ab initio). Ak z toho vyjde to co pozoruje experiment - super, je vysoka pravdepodobnost ze ten vypocet je teda spravny a jeho vysledky (napriklad elektricke naboje atomov ktore tvoria enzym) sa mozu pouzit do dalsich vypoctov ako ciastocne overene a opodstatnene. Nieco ine sa s nimi vypocita a overi sa experimentom ze ci je vysledok taky ako sa vyratal. A tak dalej, cize je to taka striedava hra experiment versus teoria a opacne s tym, ze sa zapajaju vsetky tri modelovacie sposoby podla moznosti.
Konkretnym vysledkom mozeb byt napriklad novy liek proti rakovine, pretoze ak sa nam podari vysvetlit pricinu fungovania ludskeho enzymu ktory opravuje rakovinove poskodenie, tak je vysoka pravdepodobnost ze dokazeme vyrobit liek ktory bude obsahovat kopu takychto enzymov. Date si tabletku a mate v sebe kopu enzymov ktore budu scanovat vasu DNA ovela ucinnejsie ako keby ste mali len enzymy vyrobene vasim organizmom. Je to podobne ako antibiotika- tie tiez pomahaju imunitnemu systemu likvidovat bakterie. Rozdiel je len v tom, ze funkciu antibiotik pozname, funkciu enzymov zatial nie.
A to je len jeden priklad na co sa daju pouzit simulacie proteinov. Ine moznosti su likvidacia virusov (chystany projekt FightAIDS), prevencia proti genetickym chorobam z chemikalii/exhalatov (napr. tzv. "upirsky" syndrom - to su ludia s genetickym poskodenim sposobujucim nedostatok cervenych krviniek, "smad" po krvi, bledost pokozky a extremnu citlivost na slnecne ziarenie - ak sa taky clovek vystavi priamemu slnku, moze zomriet. Tato rakovina vznika zamenou Guanin-Tymin par v DNA za Cytosin-Adenin, a to sa da nasimulovat. Cela geneticka porucha zas vznika nedobrym fungovanim/nedostatkom jedneho druhu opravneho enzymu). A tak dalej, je to urcite velmi zaujimave (o to viac ze je to ozaj neprebadana, nejasna a nezmana oblast).
[/quote="Honza"]
Srovnani projektu je hezke a platne - z pohledu vedce. Z pohledu spolecenskeho uz to muze byt jine - narazim na problem zneuzitelnosti (napriklad armadou, statnim terorismem atp.) vysledku projektu (vcetne klamnosti jeho zadani). To je zrovna nejvetsi problem bio/life science.
[/quote]
ano, zase uplne suhlasim. Armada ma velky zaujem o taketo veci, lebo jej vojaci by vela ziskali keby napr. mohli pobehovat po jadrovom utoku na nepriatelskom uzemi ak by stacilo prehlnut par tabletiek. A milion inych vyuziti, aj v statnom terorizme ako si to vystizne nazval. Aj z podobneho sudka - zrovna dnes som bol na sympoziu kde sa hovorilo o hrozbe terorizmu pre jadrove zariadenia a zbrane - ani netusite ako jednoduche je teroristom ziskat a vyrobit spinavu jadrovu bombu. Cudujem sa ze to este nespravili. Vsade sa hovori o urane a plutoniu, ale napr. Americium 242 metastabilne ma dostatocny polcas rozpadu na to, aby sa ho dalo zhromazdit dostatocne mnozstvo a pritom jeho kriticka hmotnost (aby to cele "buchlo") je len 3.8 kg v porovnani s cca 35 kg uranu! Desatkrat mensia hmotnost, desatkrat mensie usilie zohnat ho. Ruska krajina je velka, oficieri podplatitelni. Takze keby sa teroristi velmi snazili, mali by aj na ostru jadrovu bombu. Neprijemna predstava, nechcem blizsie rozoberat. Nastastie sa v tomto vyvija velke usilie aby sa im to nepodarilo. Ale to som zas odbocil k jadrovke...
[/quote="Honza"]
Klima je v tohoto podlehu spise zajimave - v podstate se na to lze divat tak, ze to je politika vedena jinymi prostredky (vedou). Krasne je to videt na tom, jak se nezodpovedni Americane (v cele s jednim ignorantem) pretahuji se zodpovednejsimi politiky z Evropy o tom, jestli a jake klimaticke zmeny jsou a jak na to pusobi clovek. Skoro mam chut na toto tema - tedy medialni diskurz o moznych klimatickych zmenach - udelat diplomku.[/quote]
Ano, ta zmienka o politike vedenej inymi prostriedkami je velmi vystizna. Je to krasna ukazka ako vladna moc manipuluje jednak s verejnou mienkou a jednak s "objektivnymi" vedeckymi faktami. Vsetko to funguje na tom, ze sa najde nejaky vedec s nazormi vhodnymi pre vladne zamery. To nie je tazke, kedze vedecka komunita je vzdy roznoroda. To je dobre pre vedecky pokrok - jedni sa snazia vyvratit tezy tych druhych a naopak, a vysledkom je vedecky pokrok. Zle to je vtedy, ak zacne vlada do tohto prirodzeneho procesu zasahovat tym, ze financne aj moralne podporuje len jednu stranu - nevzide z toho nic dobre pre spolocnost ani pre vedu...Naozaj pekna ukazka je podpora vedcov ktori vyhradne zastavaju nazor, ze klimaticke zmeny nemaju nic spolocne s clovekom a jeho cinnostou. Takito vedci uz ani nechcu byt potom objetivni, lebo by stratili penazne dotacie na vyskum. Alebo su to naozaj nadsenci ktori tomu co hovoria aj veria (veda je v tomto vcelku demokraticka) a len sa tesia ze vlada ich podporuje.
[/quote="Honza"]Taky P.S.:tvuj puvodni prispevek zde byl 2x, tak jsem ten prvni smazal (v pripade, ze by ten druhy byl nejak jinak, aktualneji, formulovani).[/quote]
ano, z nejakeho dovodu mi po submittnuti prispevku vyhodilo hlasku ze "page not found" tak som reloadol stranku a zrazu nabehla uz aj s dvoma identickymi prispevkami...sorry for that..dufam ze ma tunajsia vlada nechce spozorovat a zdvojnasobit vsetky moje aktivity a prijmy
