BOINC - Hydrogen@Home

[LiborA]

Zítra prubnu Windows a pak se ozvu (jestli teda dostanu nějakou práci)

[LiborA]

Projekt je momentálně "down"

EDIT: tak už jsme opět v provozu

[LiborA]

V tabulce mam, ze prvotni download je kolem 38 mega. Zmenilo se to? Nebo je to specificke pro Linux? Uz delsi dobu se mi z Hydrogenu nepodarilo dostat nejakou praci pro Win...

Každopádně zpětný upload výsledků je 1,7 MB

[Marty McFly]

Aplikace autodock 7.21 pod windows ma porad download cca kolem tech 38MB....

[LiborA]

Dnes se mi stahuje aplikace 7.22 (pro Linux) a opět taková darda stahování. Dva soubory už mám stažené, ale ještě 50 MB čeká na stažení

EDIT: Zajímavá je také rozdílnost velikosti souborů jednotek. Momentálně stahuji 3 jednotky, každá sestává ze 3 souborů (job.xml, číslowu_pdb1lkn.pdb, a číslowu_nsc1.mol2), Právě veikost souborů pdb je velice rozdílná, u jedné jednotky 170,07 KB, u druhé 326,37 KB a poslední 1,19 MB. Naproti tomu soubory xml mají všechny velikost 1,22 Kb a soubory mol2 1.54 KB.

[LiborA]

Aplikace autodock 7.21 pod windows ma porad download cca kolem tech 38MB....

Teď jsem ji stahoval pod Windows a je to 5 souborů od 8,1 do 8,3 MB tj. okolo 41 MB (malé soubory v KB jsem ignoroval)

[Honza]

Diky

[LiborA]

Tak se mi stáhla nová aplikace 7.31 - a stahovalo se dokonce přes 50 MB souborů. Jinak došlo i k dalším změnám. Jednotky jsou nyní delší, protože Jack nastavil Genetický algoritmus na 10 běhů (na mém AMD X2 4000+ teď je jednotka okolo 20 minut). Bylo změněno i nastavení rozesílání jednotek, protože se stávalo, že některé jednotky nedosáhly dostatečného kvóra pro přidělení kreditu už kvůli jedné "spadlé" jednotce (také takovou mám ). Nyní je nastavení:

Kód: Vybrat vše

minimum quorum	3
initial replication	3
max # of error/total/success tasks	2, 5, 3

[Marty McFly]

Potvrzuju. Stahoval jsem po restartu projektu 1.jednotku aplikace Autodock 7.31 a bylo to cca 70MB , kam až to půjde jsem zvědavý Čas výpočtu na celeru 2G6 je 3-4k sekund a práce je zaplacena zhruba 7 kredity.

[LiborA]

Velmi zajímavý příspěvek byl uveřejněn ve fóru projektu. Pojednává o vývoji aplikací pro projekt. Podle všeho se snad v brzké době dočkáme rozšíření projektu o další typ výpočtů.

Here I will continue to update a list of scientific applications I am evaluating for deployment on our project.

1) AutoDock4
Purpose
Modeling weak binding to between ligands and receptors. I hope to use this to model substrate and reaction intermediate binding to an enzyme's active site.
Status
Currently integrated into the project. A custom workunit generator allows users to submit their own work. Running pseudo random workunit generator. Fails between 20-30% do to issues with input formating scripts. Results are not being stored for file management issues and sample_assimilator is failing.

2) Amber
Purpose
QM/MM tool for modeling chemical reactions
Status
Requires a license. Optimistic about eventual license that will permit use on our project. They will grant a fee waiver on an academic license.

3) CP2K
Purpose
Capable of Nudge Elastic Band analysis (NEB). Employs QM/MM and DFT.
Status
Tested in Cygwin and windows command line. Trouble compiling in Linux. Need to setup a VM to compile in Linux since my server has insufficient memory.

4) Quantum Espresso
Purpose
Another application that can run NEB analysis. Does not employ QM/MM but does DFT.
Status
Ran in Cygwin. Learning how to design an NEB based on an example.

5) GROMACS
Purpose
Another Molecular Modeling application that can use GPL MOPACK7 for Quantum Mechanics. Able to perform NEB analysis.
Status
Just starting to compile in Cygwin

[Honza]

Jo, zajimave, diky.
Nechal jsem jedinou 32-bit masinu otevrenou i pro Hydrogen a nakonec mi to semo tamo nejakou WU stahl a dokonce i vypocitalo.

[LiborA]

Jo, zajimave, diky.
Nechal jsem jedinou 32-bit masinu otevrenou i pro Hydrogen a nakonec mi to semo tamo nejakou WU stahl a dokonce i vypocitalo.

Mám k projektu připojený všechny mašiny co mají přístup na web, vzhledem k tomu, jak je dostupná práce tak je to zatím ani moc nezatěžuje

[LiborA]

Projekt spustil nový typ aplikace CP2K QM/MM MD Simulation - původně byla snaha začlenit Cp2K přímo do aplikace Autodoc, ale to se nepovedlo (velká chybovost jednotek), tak je vydána samostatně.
Zároveň se Jack na webu zmiňuje o tom, že pokukuje i po dalších aplikacích pro modelování dynamiky molekul jako jsou Quantum Espresso, Amber a GROMACS. Bohužel ne všechny aplikace mají GPL licenci, takže musí vyřešit licencování.

[Marty McFly]

A taky ti ta CP2K ... háže níže uvedený error ? Nebo se ti počítá bez problémů?

17.1.2008 7:20:01|Hydrogen@Home|Reason: Unrecoverable error for result cp2k_080117062005_0 ( - exit code 35584 (0x8b00))

[LiborA]

A taky ti ta CP2K ... háže níže uvedený error ? Nebo se ti počítá bez problémů?

17.1.2008 7:20:01|Hydrogen@Home|Reason: Unrecoverable error for result cp2k_080117062005_0 ( - exit code 35584 (0x8b00))

Ano, obě jednotky, které jsem zatím reportoval skončily touto chybou, ale dnes mi skončily chybou s výjimkou jedné zatím všechny jednotky.