RAH - Aktuální stav projektu

['bosh]

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ (Beta)

[PavolR]

Dalsi informace zde:
http://www.innovations-report.com/html/ ... 49357.html

[JVc]

tak tento projekt je hodne zajimavej (neco jako predictor) prvotni download 17MB. jednotka ma odhadovanej vypocetni cas na 150hodin.

Edit: Na spocitani jednotky je 14 dni. to je nejaka haluz, prece kvuli tomu nezastavim ostatni projekty

[dejvidek]

Založen tým. Naleznete ho tady.
dejv

[Honza]

Vysel clanek o Rosette na BetterHumans.

[Honza]

David Baker napsal takovou kratkou sumarizaci toho, kam se Rosetta posunula a posunuje.
Bylo analyzovano 9 proteinu. Budou nasledovat nejaka vylepseni v meotde analyzy a testovano 11 proteinu. Zapracovalo se na moznosti rozesilani uloh a i dalsi vedatori budou mit sanci zadavat vypocetni ulohy...takze Rosetta nebude mit asi problem "Out of work".
Take byl nejspise identifikovan problem toho, ze nektere WUs za zastavily na 1% a tam dale trcely. Nova aplikace by to snad melo resit (+ testovat nejake nove veci, pravdepodobne i dopracovani grafiky podle pripominek ucastniku).

[JVc]

Ted koukam ze se me stahla ve ctyri rano nova aplikace 4.81
Nove jsou i pro linux a mac. Zadna zminka co je noveho v tech aplikacich na webu neni.

[forest]

Já zaznamenal pouze delší dobu potřebnou pro výpočet většiny WU stažených v posledních dnech, ale to může být jen nějaká jedna várka. Jsou to stále ještě WU 4,80 ale už mám taky pár 4,81

[Howard]

Jojo, uz ji taky mam. Dejte pls vedet, az budou znamy novinky.

[Honza]

Trochu zmeneny kod hledani, vetsi dimenzovanost toho, s cim umi pracovat, trochu zmenena grafika; snad opravena chyba nekonciciho vypoctu.

The new applications have modifications in the scientific code. The modifications were, again, made to allow increased diversity in the search. The app can now read in larger protein fragment libraries, and the number of score specific cycles can be increased. The screen saver was slightly modified to allow rotation of the native structure. Bin in our group was able to find a bug that may have caused an infinite loop in certain very infrequent circumstances, but we do not know if this is the bug people are seeing. There is no difference between the *topology_sample_nnnnn and the *topology_sample_nnn_nnnnn work units. The additional number (nnn), specifies a batch number used in our new work generator.

[reALTom]

Koukal jsem na názvy jednotek u verze 4.81 mám tam takovýto mix, zajímavá je ta DEFAULT...:

[JVc]

Ty jednotky zacinajici 1ogw se me pocitaji nejdyl cca 2:30

[Honza]

@ reALTom a vsichni: pokud nekdo chytne WUs DEFAULT_xxxxx_205_.........." (davka 205), tak je mazte. Maji omylem 1000 struktur misto 10 a tudiz velmi dlouhe casy vypoctu; je jich asi 1100. Davka 206 je uz OK.
Jednotka by nejspise skoncila chybou po 12-16 hodinach (timeout). Nekteri ji chteli presto pocitat, ale problem by mohl nastat i s velikosti uploadovaciho souboru atp.

Vznikla take diskuse o tom, jestli by Rosetta nemela mit Alpha projekt na testovani nove aplikace a WU predtim, nez jdou do oficialni verze. Minimalne by tak meli delat in-house v ramci jejich zdroju...
Rosetta Alpha; Rosalpha; R-alpha; Ralph?

[forest]

Já našel na svých PC dohromady 3 x 205-ky, díky za upozornění

[Darkmoor]

Já mám už dávku 218 a počítám první, zatím v pořádku, čas, 1:41:10 a spočteno 50% (jen kdyby ty soubory při downloadu nebyly tak pekelně veliké )